生物科学学校的Python课程内容教材内容，合适大学本科课堂教学或制造行业人员的Python短期培训班。这书案例借以处理分子生物学难题，根据“程序编写手法”的方式，包含尽量多的机构、剖析、主要表现結果的对策。在每章末尾都是尤为微生物学术研究设计构思的程序编写题型，合适课堂教学和通过自学。这书由六一部分构成：Python語言基础详细介绍，語言全部成份详细介绍，高級程序编写，大数据可视化，生物信息通用性包Biopython，*后得出20个"程序编写秘籍”，范畴包含了从2级构造分折、多编码序列核对到蛋白三维立体构造的普遍话题讨论。除此之外，这书附则还包含了很多的生物信息常见資源的信息内容。
Allegra Via，意大利罗马首位高校物理系助理教授。研究内容为生物信息学，在生物信息学数据处理方法和Python程序编写层面具备丰富多彩的社会经验。 Allegra Via，意大利罗马首位高校物理系助理教授。研究内容为生物信息学，在生物信息学数据处理方法和Python程序编写层面具备丰富多彩的社会经验。
核心主题：程序编写,生物信息学,語言,数据处理方法,社会经验,助理教授,意大利罗马,生物信息,包含,物理系
目录
- 第一部分入门
- 第1章Python shell
- 1.1本章知识点
- 1.2案例： 计算ATP水解的ΔG
- 1.2.1问题描述
- 1.2.2Python会话示例
- 1.3命令的含义
- 1.3.1如何在电脑上运行这个例子
- 1.3.2变量
- 1.3.3导入模块
- 1.3.4计算
- 1.4示例
- 1.5自测题
- 第2章第一个Python程序
- 2.1本章知识点
- 2.2案例： 如何计算胰岛素序列中的氨基酸频率
- 2.2.1问题描述
- 2.2.2Python会话示例
- 2.3命令的含义
- 2.3.1如何执行程序
- 2.3.2程序如何工作
- 2.3.3注释
- 2.3.4字符串变量
- 2.3.5用for进行循环
- 2.3.6缩进
- 2.3.7打印至屏幕
- 2.4示例
- 2.5自测题
- 第一部分小结
- 第二部分数 据 管 理
- 第3章分析数据列
- 3.1本章知识点
- 3.2案例： 树突长度
- 3.2.1问题描述
- 3.2.2Python会话示例
- 3.3命令的含义
- 3.3.1读取文本文件
- 3.3.2写入文本文件
- 3.3.3将数据收入列表
- 3.3.4将文本转换为数字
- 3.3.5将数字转换为文本
- 3.3.6将数据列写入文本文件
- 3.3.7计算数值列表
- 3.4示例
- 3.5自测题
- 第4章解析数据记录
- 4.1本章知识点
- 4.2案例： 整合质谱数据， 转化到代谢通路中
- 4.2.1问题描述
- 4.2.2Python会话示例
- 4.3命令的含义
- 4.3.1if/elif/else语句
- 4.3.2列表数据结构
- 4.3.3简洁列表创建方式
- 4.4示例
- 4.5自测题
- 第5章搜索数据
- 5.1本章知识点
- 5.2案例： 将RNA序列翻译为相应的蛋白质序列
- 5.2.1问题描述
- 5.2.2Python会话示例
- 5.3命令的含义
- 5.3.1字典
- 5.3.2while语句
- 5.3.3用while循环搜索
- 5.3.4字典搜索
- 5.3.5列表搜索
- 5.4示例
- 5.5自测题
- 第6章过滤数据
- 6.1本章知识点
- 6.2案例： 使用RNAseq输出数据
- 6.2.1问题描述
- 6.2.2Python会话示例
- 6.3命令的含义
- 6.3.1用简单的for...if组合过滤
- 6.3.2合并两个数据集
- 6.3.3两组数据之间的差异
- 6.3.4从列表、 字典和文件中删除元素
- 6.3.5保持或不保持顺序地删除重复
- 6.3.6集合
- 6.4示例
- 6.5自测题
- 第7章管理表数据
- 7.1本章知识点
- 7.2案例： 确定蛋白浓度
- 7.2.1问题描述
- 7.2.2Python会话示例
- 7.3命令的含义
- 7.3.1二维表的表示方法
- 7.3.2访问行和单元格
- 7.3.3插入和删除行
- 7.3.4访问列
- 7.3.5插入和删除列
- 7.4示例
- 7.5自测题
- 第8章数据排序
- 8.1本章知识点
- 8.2案例： 数据表排序
- 8.2.1问题描述
- 8.2.2Python会话示例
- 8.3命令的含义
- 8.3.1Python列表有利于排序
- 8.3.2内置函数sorted()
- 8.3.3用itemgetter排序
- 8.3.4按升序/降序排序
- 8.3.5数据结构（元组、 字典）排序
- 8.3.6按长度对字符串排序
- 8.4示例
- 8.5自测题
- 第9章模式匹配和文本挖掘
- 9.1本章知识点
- 9.2案例： 在蛋白质序列中搜索磷酸化模体
- 9.2.1问题描述
- 9.2.2Python会话示例
- 9.3命令的含义
- 9.3.1编译正则表达式
- 9.3.2模式匹配
- 9.3.3分组
- 9.3.4修改字符串
- 9.4示例
- 9.5自测题
- 第二部分小结
- 第三部分模块化编程
- 第10章将程序划分为函数
- 10.1本章知识点
- 10.2案例： 处理三维坐标文件
- 10.2.1问题描述
- 10.2.2Python会话示例
- 10.3命令的含义
- 10.3.1如何定义和调用函数
- 10.3.2函数参数
- 10.3.3struct模块
- 10.4示例
- 10.5自测题
- 第11章用类化繁为简
- 11.1本章知识点
- 11.2案例： 孟德尔遗传
- 11.2.1问题描述
- 11.2.2Python会话示例
- 11.3命令的含义
- 11.3.1用类创建实例
- 11.3.2类以属性的形式包含数据
- 11.3.3类包含的方法
- 11.3.4__repr__方法可打印类和实例
- 11.3.5使用类有助于把握复杂程序
- 11.4示例
- 11.5自测题
- 第12章调试
- 12.1本章知识点
- 12.2案例： 程序无法运行时应该怎样处理
- 12.2.1问题描述
- 12.2.2Python会话示例
- 12.3命令的含义
- 12.3.1语法错误
- 12.3.2运行时错误
- 12.3.3处理异常情况
- 12.3.4未报告出错信息
- 12.4示例
- 12.5自测题
- 第13章使用外部模块： R语言的Python调用接口
- 13.1本章知识点
- 13.2案例： 从文件中读取数据， 并通过Python使用R计算其平均值
- 13.2.1问题描述
- 13.2.2Python会话示例
- 13.3命令的含义
- 13.3.1rpy2和r实例的robjects对象
- 13.3.2从Python中读取R对象
- 13.3.3创建向量
- 13.3.4创建矩阵
- 13.3.5将Python对象转换成R对象
- 13.3.6如何处理包含点的函数参数
- 13.4示例
- 13.5自测题
- 第14章构建程序流程
- 14.1本章知识点
- 14.2案例： 构建NGS流程
- 14.2.1问题描述
- 14.2.2Python会话示例
- 14.3命令的含义
- 14.3.1如何使用TopHat和Cufflinks
- 14.3.2什么是程序流程
- 14.3.3在程序中交换文件名和数据
- 14.3.4编写程序包装器
- 14.3.5关闭文件时的延迟
- 14.3.6使用命令行参数
- 14.3.7测试模块： if__name__==＇__main__＇
- 14.3.8处理文件和路径
- 14.4示例
- 14.5自测题
- 第15章编写良好的程序
- 15.1本章知识点
- 15.2问题描述： 不确定性
- 15.2.1程序编写存在不确定性
- 15.2.2程序项目实例
- 15.3软件工程
- 15.3.1将编程项目分成小任务
- 15.3.2将程序分为函数和类
- 15.3.3编写格式良好的代码
- 15.3.4使用存储库控制程序版本
- 15.3.5如何将自己的程序分发给其他人
- 15.3.6软件开发的周期
- 15.4示例
- 15.5自测题
- 第三部分小结
- 第四部分数据可视化
- 第16章创建科学图表
- 16.1本章知识点
- 16.2案例： 核糖体的核苷酸频率
- 16.2.1问题描述
- 16.2.2Python会话示例
- 16.3命令的含义
- 16.3.1matplotlib库
- 16.3.2绘制竖的柱状图
- 16.3.3为x轴和y轴添加标注
- 16.3.4添加刻度
- 16.3.5添加一个图例框
- 16.3.6添加图的标题
- 16.3.7设置图表的边界
- 16.3.8以低分辨率和高分辨率导出一个图像文件
- 16.4示例
- 16.5自测题
- 第17章使用PyMOL创建分子图像
- 17.1本章知识点
- 17.2示例： 锌指
- 17.2.1什么是PyMOL
- 17.2.2PyMOL会话示例
- 17.3用七个步骤来创建高分辨率的图像
- 17.3.1创建一个PyMOL脚本文件
- 17.3.2加载和保存分子
- 17.3.3选取分子的局部
- 17.3.4为每个选取选择展现形式
- 17.3.5设置颜色
- 17.3.6设置摄影位置
- 17.3.7导出高分辨率图像
- 17.4示例
- 17.5自测题
- 第18章处理图像
- 18.1本章知识点
- 18.2案例： 画一个质粒
- 18.2.1问题描述
- 18.2.2Python会话示例
- 18.3命令的含义
- 18.3.1创建一个图像
- 18.3.2读和写图像
- 18.3.3坐标
- 18.3.4绘制几何形状
- 18.3.5旋转图像
- 18.3.6添加文本标记
- 18.3.7颜色
- 18.3.8辅助变量
- 18.4示例
- 18.5自测题
- 第四部分小结
- 第五部分Biopython
- 第19章使用序列数据
- 19.1本章知识点
- 19.2案例： 如何将一条DNA编码序列翻译成对应的蛋白质序列， 并把它写入
- FASTA文件
- 19.2.1问题描述
- 19.2.2Python会话示例
- 19.3命令的含义
- 19.3.1Seq对象
- 19.3.2把序列当成字符串工作
- 19.3.3MutableSeq对象
- 19.3.4SeqRecord对象
- 19.3.5SeqIO模块
- 19.4示例
- 19.5自测题
- 第20章从网络资源中检索数据
- 20.1本章知识点
- 20.2案例： 在PubMed中用关键词搜索文献， 下载并解析对应的记录
- 20.2.1问题描述
- 20.2.2Python会话示例
- 20.3命令的含义
- 20.3.1Entrez模块
- 20.3.2Medline模块
- 20.4示例
- 20.5自测题
- 第21章使用三维结构数据
- 21.1本章知识点
- 21.2案例： 从PDB文件中提取原子名及其三维坐标
- 21.2.1问题描述
- 21.2.2Python会话示例
- 21.3命令的含义
- 21.3.1Bio.PDB模块
- 21.3.2SMCRA结构层次
- 21.4示例
- 21.5自测题
- 第五部分小结
- 第六部分编 程 秘 笈
- 编程秘笈1: PyCogent库
- 编程秘笈2： 反向互补和随机化序列
- 编程秘笈3： 用概率创建随机序列
- 编程秘笈4： 用Biopython解析多序列联配
- 编程秘笈5： 从多序列联配中计算共有序列
- 编程秘笈6： 计算系统发生树的节点间的距离
- 编程秘笈7： 核苷酸序列的密码子频率
- 编程秘笈8： 解析Vienna格式的RNA二级结构
- 编程秘笈9： 解析BLAST的XML输出
- 编程秘笈10： 解析SBML文件
- 编程秘笈11： 运行BLAST
- 编程秘笈12： 访问、 下载和读取网页
- 编程秘笈13： 解析HTML文件
- 编程秘笈14： 将PDB文件分割成PDB链文件
- 编程秘笈15： 在PDB结构上找到两个最靠近的Cα原子
- 编程秘笈16： 提取两个PDB链间的界面
- 编程秘笈17： 用Modeller建立同源模型
- 编程秘笈18： 用ModeRNA分析RNA三维同源模型
- 编程秘笈19: 从三级结构计算RNA碱基配对
- 编程秘笈20： 结构重叠的真实实例： 丝氨酸蛋白酶催化三分子
- 附录
- 附录A命令概览
- 附录BPython资源
- 附录C记录样板
- 附录D处理目录和用UNIX编程
